Vias da Legionella Pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1¶

Utilizamos a base de dados KEGG (http://www.genome.jp/kegg/) para construir uma tabela, com informações relativas às enzimas metabólicas da nossa zona do genoma, com os seguintes campos:

Locus Tag
EC number
Kegg Orthology
Kegg Pathways
Kegg Reactions

In [10]:

import os, sys, inspect, csv, math
import pandas as pd
from IPython.core.display import display, HTML

def import_modules():
    """
    Importar os módulos que desenvolvemos neste trabalho.
    """
    current_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(inspect.getfile(inspect.currentframe())))
    parent_dir = os.path.dirname(current_dir)
    sys.path.insert(0, parent_dir)

def pretty_print_list(l):
    if isinstance(l, float) and math.isnan(l):
        return ""
    html = "<ul>"
    for e in l:
        html += "<li>"
        html += "<strong>id:</strong> " + str(e["id"]) + " | "
        html += "<strong>descrição:</strong> " + str(e["desc"])
        html += "</li>"
    html += "</ul>"
    return html    
    
def main():
    import_modules()
    import util.rw as rw
    
    # mostra todas as linhas
    pd.options.display.max_rows = 250
    
    # não truncar informação
    pd.set_option('display.max_colwidth', -1)
    
    KEGG = rw.read_json("files/KEGG.json")
    df = pd.DataFrame(KEGG).transpose()
    
    for p in ["Orthology", "Pathways", "Reactions"]:
        df[p] = df[p].apply(pretty_print_list)
    display(HTML(df.to_html(escape=False)))

main()

	EC_number	Orthology	Pathways	Reactions
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lpg0241	[EC:3.5.1.2]	id: K01425 \| descrição: glutaminase	id: lpn00220 \| descrição: Arginine biosynthesis id: lpn00250 \| descrição: Alanine, aspartate and glutamate metabolism id: lpn00471 \| descrição: D-Glutamine and D-glutamate metabolism id: lpn01100 \| descrição: Metabolic pathways	id: R00256 \| descrição: L-glutamine + H2O = L-glutamate + NH3
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lpg0271	[EC:3.5.1.19\| 3.5.1.-]	id: K08281 \| descrição: nicotinamidase/pyrazinamidase	id: lpn00760 \| descrição: Nicotinate and nicotinamide metabolism id: lpn01100 \| descrição: Metabolic pathways	id: R01268 \| descrição: nicotinamide + H2O = nicotinate + NH3
lpg0283	[EC:1.2.1.2]	id: K00122 \| descrição: formate dehydrogenase	id: lpn00630 \| descrição: Glyoxylate and dicarboxylate metabolism id: lpn00680 \| descrição: Methane metabolism id: lpn01100 \| descrição: Metabolic pathways id: lpn01120 \| descrição: Microbial metabolism in diverse environments id: lpn01200 \| descrição: Carbon metabolism	id: R00519 \| descrição: formate + NAD+ = CO2 + NADH
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Em baixo apresentamos a via metabólica da bactéria (figura 1) e a via responsável pela infeção provocada pela mesma (figura 2). Estas representam todo o genoma, uma vez que não faria sentido utilizar apenas as proteínas da zona do genoma em estudo, pois não fazem parte desta zona as proteínas necessárias para completar pelo menos uma das vias metabólicas ou infeciosas da bactéria.

Metabolismo Figura1 - Rede Metabólica da Legionella Pneumophila susbp. pneumophila str. Philadelphia 1.

Infecao Figura 2 - Via responsável pela infeção provocada pela Legionella Pneumophila susbp. pneumophila str. Philadelphia 1.

Índice | Anterior | Seguinte

	EC_number	Orthology	Pathways	Reactions
lpg0233	[EC:4.1.1.7]	id: K01576 \| descrição: benzoylformate decarboxylase	id: lpn00627 \| descrição: Aminobenzoate degradation id: lpn01120 \| descrição: Microbial metabolism in diverse environments	id: R01764 \| descrição: phenylglyoxylate = benzaldehyde + CO2
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